В плагине, начиная с версии 4.8.7 появилась возможность самостоятельно задавать вид запросов к поисковым системам при проверке индексации в Яндексе и Гугле (YP YL GP GL) и количества страниц в индексе (inY inG)
Для этого в настройках на вкладке "Общие" нужно нажать на кнопку шаблоны:


Чтобы использовались ваши шаблоны нужно поставить соответсвующую галочку.
В шаблонах используются следующие переменные и операторы:
$furl - url как он найден в тексте со всеми www и слешами на конце
$_furl - тоже, но с www если $furl был без, и наоборот без www если $furl был с www.
$text - текст ссылки и околоссылочный
[] если не найдено(не в индексе) используется повторный, следующий за этим оператором запрос
# - домен (внутренняя часть урл откидывается) без www, если есть слеш на конце (если урл -домен)то он не удаляется
$domain - то же, но слеш на конце удаляется